Ocena:
Książka o bioinformatyce z Pythonem jest chwalona za kompleksowe omówienie i praktyczne wskazówki zarówno dla początkujących, jak i doświadczonych użytkowników. Ma ona jednak istotne problemy, w tym problematyczne przykłady kodu i niską jakość druku, które umniejszają jej wartość jako źródła informacji.
Zalety:⬤ Wyczerpujące omówienie tematów bioinformatycznych i kwestii związanych z zarządzaniem projektami.
⬤ Doskonałe ćwiczenia praktyczne dla rzeczywistych zadań bioinformatycznych.
⬤ Dobra zarówno dla początkujących, jak i doświadczonych użytkowników, z aktualnymi narzędziami i tematami.
⬤ Zawiera pomocne zasoby i wskazówki dotyczące rozwijania umiejętności Pythona w bioinformatyce.
⬤ Wiele przykładów kodu nie działa lub jest przestarzałych, co prowadzi do frustracji.
⬤ Słaba jakość druku z błędnie wydrukowanymi stronami i czarno-białymi ilustracjami.
⬤ Niektórzy użytkownicy uznali wyjaśnienia za niejasne i nieprzydatne w porównaniu z innymi zasobami.
(na podstawie 10 opinii czytelników)
Bioinformatics with Python Cookbook - Third Edition: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems
Odkryj nowoczesne biblioteki sekwencjonowania następnej generacji z potężnego ekosystemu Pythona, aby prowadzić najnowocześniejsze badania i analizować duże ilości danych biologicznych.
Kluczowe cechy:
⬤ Wykonuj złożone analizy bioinformatyczne przy użyciu najważniejszych bibliotek i aplikacji Pythona.
⬤ Wdrażanie sekwencjonowania nowej generacji, metagenomiki, automatyzacji analiz, genetyki populacyjnej i wielu innych.
⬤ Poznaj różne techniki statystyczne i uczenia maszynowego do analizy danych bioinformatycznych.
Opis książki:
Bioinformatyka jest aktywną dziedziną badań, która wykorzystuje szereg prostych i zaawansowanych obliczeń do wydobywania cennych informacji z danych biologicznych, a ta książka pokaże Ci, jak zarządzać tymi zadaniami za pomocą Pythona.
To zaktualizowane trzecie wydanie książki kucharskiej Bioinformatics with Python rozpoczyna się od szybkiego przeglądu różnych narzędzi i bibliotek w ekosystemie Pythona, które pomogą ci konwertować, analizować i wizualizować biologiczne zbiory danych. Następnie omówione zostaną kluczowe techniki sekwencjonowania nowej generacji, analizy pojedynczych komórek, genomiki, metagenomiki, genetyki populacyjnej, filogenetyki i proteomiki na rzeczywistych przykładach. Dowiesz się, jak pracować z ważnymi systemami potokowymi, takimi jak serwery Galaxy i Snakemake, a także zrozumiesz różne moduły Pythona do programowania funkcjonalnego i asynchronicznego. Książka ta pomoże ci również zgłębić takie tematy, jak odkrywanie SNP przy użyciu podejść statystycznych w ramach wysokowydajnych platform obliczeniowych, w tym Dask i Spark. Oprócz tego poznasz zastosowanie algorytmów uczenia maszynowego w bioinformatyce.
Pod koniec tej bioinformatycznej książki w Pythonie będziesz wyposażony w wiedzę potrzebną do wdrożenia najnowszych technik programowania i frameworków, umożliwiając ci radzenie sobie z danymi bioinformatycznymi w każdej skali.
Czego się nauczysz:
⬤ Zapoznanie się z bibliotekami przetwarzania danych, takimi jak NumPy, pandas, arrow i zarr w kontekście analizy bioinformatycznej.
⬤ Interakcja z genomicznymi bazami danych.
⬤ Rozwiązywanie rzeczywistych problemów z zakresu genetyki populacyjnej, filogenetyki i proteomiki.
⬤ Budowanie potoków bioinformatycznych przy użyciu serwera Galaxy i Snakemake.
⬤ Praca z functools i itertools do programowania funkcyjnego.
⬤ Wykonywanie równoległego przetwarzania danych biologicznych przy użyciu Dask.
⬤ Poznaj techniki analizy głównych składowych (PCA) za pomocą scikit-learn.
Dla kogo jest ta książka:
Ta książka jest przeznaczona dla analityków bioinformatycznych, naukowców zajmujących się danymi, biologów obliczeniowych, badaczy i programistów Pythona, którzy chcą rozwiązywać średnio zaawansowane i zaawansowane problemy biologiczne i bioinformatyczne. Oczekiwana jest praktyczna znajomość języka programowania Python. Przydatna będzie również podstawowa wiedza z zakresu biologii.
