Bioinformatics with Python Cookbook - Second Edition: Dowiedz się, jak korzystać z nowoczesnych bibliotek i aplikacji bioinformatycznych Pythona, aby przeprowadzać nowatorskie badania.

Opinie czytelników

Książka zawiera wnikliwe instrukcje krok po kroku dotyczące projektów bioinformatycznych z wykorzystaniem Pythona, skierowane do czytelników z pewną wcześniejszą wiedzą. Nie jest jednak odpowiednia dla początkujących ze względu na zakładaną wiedzę i przestarzały kod.

Wnikliwe i szczegółowe instrukcje dotyczące zaawansowanych projektów bioinformatycznych. Dobra dla czytelników z doświadczeniem w bioinformatyce i Pythonie. Obejmuje najnowocześniejsze aplikacje w języku Biopython.

Zakłada wcześniejszą znajomość Pythona i bioinformatyki, co czyni ją nieodpowiednią dla początkujących. Kod jest przestarzały, a niektóre użyte biblioteki nie są już dostępne. Problemy ze stanem książki w momencie dostawy.

(na podstawie 4 opinii czytelników)

Oryginalny tytuł:

Bioinformatics with Python Cookbook - Second Edition: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge rese

Zawartość książki:

Odkryj nowoczesne biblioteki sekwencjonowania nowej generacji z ekosystemu Python do analizy dużych ilości danych biologicznych

Kluczowe cechy

⬤ Wykonuj złożone analizy bioinformatyczne przy użyciu najważniejszych bibliotek i aplikacji Pythona.

⬤ Wdrażanie sekwencjonowania nowej generacji, metagenomiki, automatyzacji analiz, genetyki populacyjnej i nie tylko.

⬤ Poznaj różne techniki statystyczne i uczenia maszynowego do analizy danych bioinformatycznych.

Opis książki

Bioinformatyka jest aktywną dziedziną badań, która wykorzystuje szereg prostych i zaawansowanych obliczeń w celu wydobycia cennych informacji z danych biologicznych.

Książka ta obejmuje sekwencjonowanie nowej generacji, genomikę, metagenomikę, genetykę populacyjną, filogenetykę i proteomikę. Poznasz nowoczesne techniki programowania do analizy dużych ilości danych biologicznych. Za pomocą rzeczywistych przykładów będziesz konwertować, analizować i wizualizować zbiory danych przy użyciu różnych narzędzi i bibliotek Pythona.

Ta książka pomoże ci lepiej zrozumieć pracę z serwerem Galaxy, który jest najczęściej używanym systemem potokowym opartym na sieci bioinformatycznej. To zaktualizowane wydanie zawiera również zaawansowane techniki filtrowania sekwencjonowania nowej generacji. Zgłębisz również takie tematy, jak odkrywanie SNP przy użyciu podejść statystycznych w ramach wysokowydajnych platform obliczeniowych, takich jak Dask i Spark.

Pod koniec tej książki będziesz w stanie używać i wdrażać nowoczesne techniki programowania i frameworki, aby radzić sobie z ciągle rosnącym zalewem danych bioinformatycznych.

Czego się nauczysz

⬤ Dowiedz się, jak przetwarzać duże zbiory danych sekwencjonowania następnej generacji (NGS).

⬤ Praca z genomowymi zbiorami danych przy użyciu formatów FASTQ, BAM i VCF.

⬤ Naucz się przeprowadzać porównania sekwencji i rekonstrukcje filogenetyczne.

⬤ Przeprowadzanie złożonych analiz z wykorzystaniem danych protemicznych.

⬤ Używanie Pythona do interakcji z serwerami Galaxy.

⬤ Wykorzystanie wysokowydajnych technik obliczeniowych z Dask i Spark.

⬤ Wizualizacja interakcji białkowych zbiorów danych przy użyciu Cytoscape.

⬤ Wykorzystanie PCA i drzew decyzyjnych, dwóch technik uczenia maszynowego, z biologicznymi zbiorami danych.