Zrozumieć symulację molekularną - od algorytmów do zastosowań (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Opinie czytelników

Książka jest dobrze oceniana za jasne wyjaśnienie metod symulacji molekularnych, co czyni ją popularnym wyborem zarówno dla studentów, jak i naukowców. Jest szczególnie przydatna dla początkujących i obejmuje zarówno techniki Monte Carlo (MC), jak i dynamiki molekularnej (MD). Niektórzy czytelnicy mają jednak zastrzeżenia do jakości wersji e-book, polegania na przestarzałych praktykach programistycznych, takich jak Fortran, oraz koncentrowania się na algorytmach, a nie praktycznych przykładach kodowania.

Jasne wyjaśnienie koncepcji symulacji molekularnych, dobre dla początkujących, pomocne algorytmy, szczegółowe omówienie metod MC i MD, polecane przez doradców, wysokiej jakości wersja drukowana.

Wersja e-book cierpi na niską jakość z brakującym tekstem i symbolami, koncentruje się na przestarzałym kodzie Fortran, niektóre treści wydają się być skopiowane z innych klasycznych tekstów, brakuje zaawansowanych technik MD, może nie służyć dobrze zaawansowanym użytkownikom.

(na podstawie 23 opinii czytelników)

Oryginalny tytuł:

Understanding Molecular Simulation - From Algorithms to Applications (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Zawartość książki:

Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications wyjaśnia fizykę stojącą za "recepturami" symulacji molekularnej dla nauki o materiałach. Symulatorzy komputerowi są nieustannie konfrontowani z pytaniami dotyczącymi wyboru konkretnej techniki dla danego zastosowania. Istnieje wiele różnych narzędzi, więc wybór techniki wymaga dobrego zrozumienia podstawowych zasad. Co ważniejsze, takie zrozumienie może znacznie poprawić wydajność programu symulacyjnego. Implementacja metod symulacyjnych jest zilustrowana pseudokodami i ich praktycznym wykorzystaniem w studiach przypadków wykorzystanych w tekście.

Od czasu pierwszego wydania, zaledwie pięć lat temu, świat symulacji znacznie się zmienił - obecne techniki dojrzały i pojawiły się nowe. To nowe wydanie uwzględnia te nowe osiągnięcia; w szczególności istnieją sekcje dotyczące:

- Próbkowanie ścieżek przejściowych i przekraczanie barier dyfuzyjnych w celu symulacji zdarzeń.

- Dynamika cząstek dyssypatywnych jako technika symulacji przebiegów.

- Nowe schematy obliczania sił dalekiego zasięgu.

- Hamiltonowska i niehamiltonowska dynamika w kontekście symulacji dynamiki molekularnej w stałej temperaturze i pod stałym ciśnieniem.

- Algorytmy z wieloma krokami czasowymi jako alternatywa dla ograniczeń.

- Defekty w ciałach stałych.

- Wzbogacone próbkowanie Rosenblutha, wzrost odrzutu i uzgodnione obroty dla złożonych cząsteczek.

- Równoległe odpuszczanie dla szklistych hamiltonianów.

Zawarte są przykłady, które podkreślają bieżące zastosowania, a kody studiów przypadków są dostępne w sieci WWW. Od czasu pierwszego wydania dodano kilka nowych przykładów ilustrujących najnowsze zastosowania. Nowe wydanie zawiera pytania. Nie zakłada się wcześniejszej znajomości symulacji komputerowych.