Jakość wody musi być dobra dla potrzeb ekosystemów wodnych, a jeśli woda staje się zanieczyszczona i nie nadaje się do użytku, pojawiają się zagrożenia dla środowiska i zdrowia. Zanieczyszczenie wody w Czadzie jest jednak spowodowane działalnością człowieka (spływy domowe, przemysłowe i rolnicze), a także przyczynami naturalnymi (skład geologiczny gleby, odchody zwierzęce).
Zanieczyszczenie to powoduje poważne problemy dla ekosystemu w perspektywie krótko- i długoterminowej. Długoterminowe zagrożenia i objawy zależą od dawki i czasu trwania ekspozycji. Rozwijające się choroby często mają podłoże chemiczne: zatrucie ołowiem, arsenem, rtęcią, chromem, azotanami, nowotwory spowodowane węglowodorami...
w wodzie. Główne krótkoterminowe zagrożenia dla zdrowia związane z wodą w Czadzie mają na ogół charakter zakaźny.
Wynikają one z obecności mikroorganizmów. Skutki są na ogół łagodne (zaburzenia trawienia, grzybice), ale mogą być również poważniejsze (zapalenie wątroby, leptospiroza, dur brzuszny, cholera, legionelloza... ).
Różne formy zanieczyszczeń, zanieczyszczenia przemysłowe, zanieczyszczenia rolnicze, odpady, odchody, odpady biomedyczne, działalność człowieka są przyczyną tych problemów, ale nie nieskuteczność polityki publicznej w celu ich rozwiązania.
