Statystyka i analiza danych dla mikromacierzy przy użyciu R i Bioconductor

Opinie czytelników

Książka jest kompleksowym przewodnikiem po analizie mikromacierzy, programowaniu R i technikach statystycznych mających zastosowanie w genomice. Jest dobrze napisana, z jasnymi wyjaśnieniami i wciągającym stylem nauczania, dzięki czemu złożone tematy są dostępne dla czytelników z różnych środowisk. Choć książka jest doskonałym źródłem wiedzy zarówno dla początkujących, jak i doświadczonych praktyków, niektóre recenzje wskazują na brak głębi w niektórych obszarach, szczególnie w odniesieniu do Bioconductor i analizy RNA-seq.

Książka jest dokładna, bogata w treść i bardzo czytelna. Służy jako świetne odniesienie zarówno dla początkujących, jak i doświadczonych czytelników, obejmując podstawowe tematy z biologii, statystyki i programowania R. Autor jest znany ze swoich umiejętności dydaktycznych i użycia humoru, a także za włączenie kolorowych ilustracji, które pomagają w zrozumieniu złożonych pojęć. Wielu czytelników docenia szczegółowe wyjaśnienia autora i praktyczne spostrzeżenia, co czyni go nieocenionym źródłem informacji dla bioinformatyków.

Niektórzy czytelnicy uznali książkę za trudną do zrozumienia, szczególnie ze względu na długie rozdziały dotyczące podstawowych statystyk i programowania w języku R. Pojawiły się krytyki dotyczące niewystarczających informacji na temat Bioconductor i analizy danych mikromacierzy, co doprowadziło niektórych do poczucia, że potrzebne jest zrozumienie tła. Dodatkowo, w kilku recenzjach wspomniano o redundancji w podstawowych wyjaśnieniach statystycznych i postrzeganym braku dogłębności w analizie RNA-seq.

(na podstawie 18 opinii czytelników)

Oryginalny tytuł:

Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor

Zawartość książki:

Bogato ilustrowana kolorowymi zdjęciami książka Statistics and Data Analysis for Microarrays Using R and Bioconductor, Second Edition zapewnia jasny i rygorystyczny opis potężnych technik analitycznych i algorytmów do wydobywania i interpretowania informacji biologicznych. Pomijając żmudne szczegóły, ciężkie formalizmy i kryptyczne notacje, tekst przyjmuje praktyczne, oparte na przykładach podejście, które uczy studentów podstaw R i technologii mikromacierzy, a także tego, jak wybrać i zastosować odpowiednie narzędzie analizy danych do konkretnych problemów.

Nowości w drugim wydaniu.

Całkowicie zaktualizowane i dwukrotnie większe niż jego poprzednik, to aktualne drugie wydanie zastępuje komercyjne oprogramowanie środowiskami open source R i Bioconductor. Czternaście nowych rozdziałów obejmuje takie tematy, jak podstawowe mechanizmy komórki, kwestie niezawodności i odtwarzalności mikromacierzy DNA, podstawowe statystyki i modele liniowe w R, projektowanie eksperymentów, wielokrotne porównania, kontrola jakości, wstępne przetwarzanie danych i normalizacja, analiza ontologii genów, analiza ścieżek i techniki uczenia maszynowego. Metody są ilustrowane przykładami zabawek i rzeczywistymi danymi, a kod R dla wszystkich procedur jest dostępny na dołączonej płycie CD-ROM.

Dzięki uwzględnieniu wszystkich niezbędnych warunków wstępnych, ta bestsellerowa książka prowadzi studentów od bardzo podstawowych pojęć do zaawansowanych technik analizy w R i Bioconductor. Pierwsza połowa tekstu przedstawia przegląd mikromacierzy i elementów statystycznych, które stanowią podstawę każdej analizy danych. Druga połowa wprowadza techniki najczęściej stosowane w analizie danych z mikromacierzy.