Protein Folding: Methods and Protocols
1. Analiza mutacyjna stanów przejściowych fałdowania białek: Wartości Phi.
Luis Alberto Campos.
2. Engineered Metal-Binding Sites to Probe Protein Folding Transition States: Psi Analysis.
Michael Baxa, Tobin R. Sosnick.
3. Site-Specific Interrogation of Protein Structure and Stability (Badanie struktury i stabilności białek w zależności od miejsca wiązania).
Debopreeti Mukherjee, Ismail A. Ahmed i Feng Gai.
4. Purification and Handling of the Chaperonin GroEL.
Xiang Ye.
5. -Powierzchnie energii swobodnej fałdowania z różnicowej kalorymetrii skaningowej.
Jose M. Sanchez-Ruiz i Beatriz Ibarra-Molero.
6. Szybka kinetyka fałdowania przy użyciu metod skoków temperatury indukowanych laserem w nanosekundach.
Michele Cerminara.
7. Pomiar submilisekundowego fałdowania białek przy użyciu fluorescencji Trp i fotochemicznego utleniania.
David Witalka i Lisa J. Lapidus.
8. Native State Hydrogen Exchange-Mass Spectrometry Methods to Probe Protein Folding and Unfolding.
Pooja Malhotra i Jayant B. Udgaonkar.
9. Multi-Probe Equilibrium Analysis of Gradual (Un)Folding Processes Analiza równowagi procesów stopniowego (nie)fałdowania.
Ginka S. Kubelka and Jan Kubelka
10. Nmr Analysis Of Protein Folding Interaction Networks.
Eva de Alba.
11. NMR Relaxation Dispersion Methods for the Structural and Dynamic Analysis of Quickly Interconverting, Low-Populated Conformational Sub-States.
V. N. Sivanandam, Nicola D'Amelio i Victor Muoz.
12. Native State Hydrogen Exchange-Mass Spectrometry Methods to Probe Protein Folding and Unfolding.
Pooja Malhotra i Jayant B. Udgaonkar.
13. Single-Molecule Fluorescence Spectroscopy Approaches for Probing Fast Biomolecular Dynamics and Interactions.
Zifan Wang, Nivin Mothi i Victor Muoz.
14. Teoria i analiza eksperymentów FRET pojedynczych cząsteczek.
Irina V. Gopich i Hoi Sung Chung.
15. Mechanochemiczna ewolucja wiązań disiarczkowych w białkach.
Jrg Schnfelder, Alvaro Alonso-Caballero i Raul Perez-Jimenez.
16. Gruboziarniste symulacje fałdowania białek: Bridging Theory and Experiments.
Vincius G. Contessoto, Vincius M. Oliveira, and Vitor B. P. Leite.
17. Analiza symulacji dynamiki molekularnej fałdowania białek.
Robert B. Best.
18. Atomistic Simulations of Thermal Unfolding.
Angel E Garcia.
19. Molecular Simulations of Intrinsically Disordered Proteins and their Binding Mechanisms.
Xiakun Chu, Suhani Nagpal i Victor Muoz.
20. Przewidywanie szybkości składania i rozkładania białek za pomocą prostych modeli.
David De Sancho i Victor Munoz.
21. Przewidywanie i symulacja wpływu mutacji na kinetykę fałdowania białek.
Athi N. Naganathan.
22 Localization of Energetic Frustration in Proteins.
A. Brenda Guzovsky, Nicholas P. Schafer, Peter G. Wolynes, and Diego U. Ferreiro.
23. Modeling the Structure, Dynamics, and Transformations of Proteins with the UNRES Force Field.
Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, P awel Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Agnieszka Karczynska, Agnieszka Lipska, Emilia A. Lubecka, Ewa Golas, Tomasz Wirecki, Mariusz Makowski, Stanislaw Oldziej, and Adam Liwo.
