Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols
Niniejszy tom bada techniki, które badają interakcje między białkami u różnych gatunków i łączy je z danymi kontekstowymi, analizą zbiorów danych omicznych oraz łączy indywidualne interakcje w jednostki semantyczne wyższego rzędu, tj. kompleksy białkowe i moduły funkcjonalne. Rozdziały tej książki obejmują metody obliczeniowe, które rozwiązują różnorodne zadania, takie jak przewidywanie funkcjonalnych interakcji białko-białko.
Oparte na dopasowaniu porównanie sieci interakcji przez SANA.
Wykorzystanie webserwera RaptorX-ComplexContact do przewidywania kontaktów między resztami białkowymi.
Dokowanie alternatywnych potwierdzeń białek uczestniczących w interakcjach binarnych i wizualny wybór modelu dokowania przy użyciu COZOID.
Wykrywanie nowych jednostek funkcjonalnych przez KeyPathwayMiner i sposób, w jaki PathClass może wykorzystywać takie ścieżki de novo do klasyfikacji podtypów raka piersi. Napisane w bardzo udanym formacie serii Methods in Molecular Biology, rozdziały zawierają wprowadzenia do odpowiednich tematów, listy niezbędnego sprzętu i oprogramowania, krok po kroku, łatwe do odtworzenia protokoły obliczeniowe oraz wskazówki dotyczące rozwiązywania problemów i unikania znanych pułapek.
Najnowocześniejsza i kompleksowa książka Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols jest cennym źródłem informacji zarówno dla początkujących, jak i doświadczonych badaczy, którzy są zainteresowani pogłębieniem wiedzy na temat tej rozwijającej się dziedziny.