Ocena:
Książka „Beginning Perl for Bioinformatics” jest materiałem mającym na celu nauczenie programowania w Perlu specjalnie dla osób zajmujących się naukami biologicznymi, w szczególności bioinformatyką. Jest ona dostosowana do początkujących, którzy nie mają wcześniejszego doświadczenia w programowaniu i otrzymała pozytywne opinie za jasne wyjaśnienia, praktyczne przykłady i zdolność do demistyfikacji pojęć programistycznych. W kilku recenzjach wspomniano jednak, że książka może nie być wystarczająco wyczerpująca i może być przestarzała, co może prowadzić do potencjalnych problemów z debugowaniem skryptów.
Zalety:⬤ Dobrze zorganizowana i łatwa do zrozumienia dla początkujących.
⬤ Zapewnia łagodne wprowadzenie do Perla z praktycznymi zastosowaniami w bioinformatyce.
⬤ Zawiera przejrzyste przykłady i ćwiczenia, które są istotne dla problemów biologicznych.
⬤ Skutecznie uczy podstawowych pojęć programistycznych i wyrażeń regularnych.
⬤ Polecana jako punkt wyjścia dla biologów chcących nauczyć się programowania.
⬤ Niektórzy użytkownicy uznali książkę za zbyt podstawową i niewystarczająco głęboką dla bardziej zaawansowanych uczniów.
⬤ Wielu recenzentów zauważyło, że jest ona przestarzała, co może prowadzić do problemów z debugowaniem skryptów.
⬤ Niektóre przykłady i wyjaśnienia mogłyby być lepsze, szczególnie w przypadku złożonych tematów.
⬤ Nie nadaje się dla osób posiadających już wiedzę na temat Perla.
(na podstawie 47 opinii czytelników)
Beginning Perl for Bioinformatics
Dzięki wysoce rozwiniętej zdolności do wykrywania wzorców w danych, Perl stał się jednym z najpopularniejszych języków do analizy danych biologicznych. Jeśli jednak jesteś biologiem z niewielkim lub żadnym doświadczeniem w programowaniu, rozpoczęcie pracy w Perlu może być wyzwaniem. Wielu biologów ma trudności z nauczeniem się, jak zastosować ten język w bioinformatyce. Najpopularniejsze książki o programowaniu w Perlu są często zbyt teoretyczne i zbyt skoncentrowane na informatyce dla biologów, którzy nie programują i muszą rozwiązywać bardzo konkretne problemy. Beginning Perl for Bioinformatics ma na celu szybkie pokonanie bariery językowej Perla poprzez podejście do programowania jako ważnej nowej umiejętności laboratoryjnej, ujawniając programy i techniki Perla, które są natychmiast przydatne w laboratorium. Każdy rozdział koncentruje się na rozwiązywaniu konkretnego problemu bioinformatycznego lub klasy problemów, zaczynając od najprostszych i zwiększając złożoność w miarę postępów w książce. Każdy rozdział zawiera ćwiczenia programistyczne i uczy bioinformatyki poprzez pokazywanie i modyfikowanie programów, które radzą sobie z różnymi rodzajami praktycznych problemów biologicznych. Pod koniec książki będziesz miał solidne zrozumienie podstaw Perla, kolekcję programów do takich zadań, jak parsowanie BLAST i GenBank, a także umiejętności do podjęcia bardziej zaawansowanego programowania bioinformatycznego. Niektóre z późniejszych rozdziałów koncentrują się bardziej szczegółowo na konkretnych tematach bioinformatycznych.
Ta książka jest odpowiednia do wykorzystania jako podręcznik w klasie, do samodzielnej nauki i jako odniesienie. Książka obejmuje: Podstawy programowania i pracę z sekwencjami i łańcuchami DNA.
Debugowanie kodu.
Symulowanie mutacji genów przy użyciu generatorów liczb losowych.
Wyrażenia regularne i znajdowanie motywów w danych.
Tablice, skróty i relacyjne bazy danych.
Wyrażenia regularne i mapy restrykcji.
Używanie Perla do analizowania rekordów PDB, adnotacji w GenBank i danych wyjściowych BLAST.