Bioinformatyczne badanie elementów potencjalnie zaangażowanych w reakcję na światło u Metarhizium

Opinie czytelników

Obecnie brak opinii czytelników. Ocena opiera się na 2 głosach.

Oryginalny tytuł:

Bioinformatics study of elements potentially involved in response to light in Metarhizium

Zawartość książki:

Światło jest jednym ze stałych czynników abiotycznych na naszej planecie i praktycznie wszystkie żywe organizmy wykazują pewien rodzaj odpowiedzi na bodziec świetlny. Ważnym aspektem po odbiorze światła jest modulacja genów; mechanizm ten polega na stymulowaniu lub hamowaniu ekspresji niektórych genów, które prawdopodobnie mają na celu adaptację do różnych warunków środowiskowych. U grzybów odpowiedź na światło ma bardzo ważny wpływ na geny zaangażowane w regulację okołodobową; w tym procesie produkty genów frq i frh regulują aktywność kompleksu białego kołnierzyka (WCC) w sposób zależny od czasu.

Zjawisko to jest szeroko badane u organizmów saprofitycznych, jednak badanie składników molekularnych i mechanizmów zaangażowanych w chronobiologię i fotobiologię u grzybów entomopatogennych jest stosunkowo nowe. W przypadku Metarhizium istnieją doniesienia o efektach fenotypowych spowodowanych bodźcem świetlnym, w tym wzrostem w stałym świetle lub fotoperiodzie; ale nie ma pełnego opisu mechanizmu, który prowadzi do tych fotozależnych cech fenotypowych.

Opierając się na szerokiej dystrybucji genów odpowiedzi na światło u grzybów strzępkowych, przeprowadziliśmy analizę bioinformatyczną kontekstu subgenomowego wspomnianych genów przy użyciu oprogramowania Mauve i RStudio. Stwierdziliśmy, że geny odpowiedzi na światło wydają się być stałe w analizowanych genomach, wykazując mikro-synteniczną konserwację wśród rodzaju Metarhizium, z wyjątkiem genu wc2. Aby lepiej zrozumieć możliwą regulację transkrypcji, przeanalizowaliśmy promotory genów odpowiedzi na światło, szukając domniemanych elementów cis-regulacyjnych, znajdując konserwatywne motywy we wszystkich analizowanych gatunkach Metarhizium; to podejście pozwoliło nam zidentyfikować inne możliwe geny odpowiedzi na światło i kontrolę okołodobową w genomie tego rodzaju.

Wreszcie, proponujemy różne mechanizmy zależne od światła, oprócz domniemanych składników molekularnych i genów zaangażowanych w te charakterystyczne fenotypy.