From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics
Aby badać żywe organizmy, naukowcy badają je nie tylko w skali makroskopowej, ale także w bardziej szczegółowej skali mikroskopowej. Obserwacja ta, doprowadzona do granic możliwości, polega na badaniu samego środka każdej komórki, gdzie znajdują się cząsteczki, które określają sposób jej funkcjonowania: DNA (kwas dezoksyrybonukleinowy) i RNA (kwas rybonukleinowy).
W organizmie DNA przenosi informację genetyczną, która nazywana jest genomem. Jest on reprezentowany jako czteroliterowe sekwencje składające się z liter A, C, G i T.
W oparciu o te sekwencje, metody komputerowe opisane w tej książce mogą odpowiedzieć na podstawowe pytania w bioinformatyce.
Ta książka bada, jak szybko znaleźć sekwencje kilkuset nukleotydów w genomie, który może składać się z kilku miliardów, jak porównać te sekwencje i jak zrekonstruować pełną sekwencję genomu. Omawia również problemy identyfikacji bakterii w danym środowisku i przewidywania struktury RNA na podstawie jego sekwencji.